Na de zon is water de belangrijkste factor in de permacultuur. Zonder water is leven vrijwel onmogelijk. In Nederland hebben we gelukkig door het jaar een behoorlijk regelmatige neerslag. Extremen komen weinig voor en grote overstromingen zijn daardoor zeldzaam. Door ons vlakke land en vergaande waterbeheersing (sloten en polders) kennen onze rivieren een lage stroomsnelheid met een stabiele waterhoogte en hebben we ook vrijwel overal een zeer stabiele (en gecontroleerde) grondwaterstand. Deze gunstige situatie is wereldwijd gezien uitzonderlijk te noemen: vrijwel overal ter wereld heeft men grotere extremen in neerslag en is het land niet vlak maar heuvelachtig of zelfs bergachtig. In die situaties wordt waterbeheer wel belangrijk en moet rekening gehouden worden met overstromingen (10 year, 100 year and 500 year flood event).
In permacultuur is de strategie erop gericht om het water zoveel mogelijk vast te houden, te verspreiden en op te slaan (stop it, spread it, sink it). Het vasthouden en verspreiden van water kan door het aanleggen van greppels (swales on contour) en het opslaan kan door infiltratie in de grond en/of door de aanleg van vijvers en sloten. Het opgeslagen water kan dan in drogere perioden gebruikt worden voor besproeing of irrigatie.
Hoewel Nederland gezegend is met een zeer stabiele waterhuishouding zullen door de klimaatverandering vaker extreme situaties voorkomen. Waterbeheersing zal hierdoor steeds belangrijker worden en permacultuur biedt hiervoor een aantal nuttige technieken.